Eu também me deparei com isso quando as seções apareceram pela primeira vez. Tive que reconstruir toda a estrutura do zero porque as pastas não conseguiam ficar debaixo delas depois disso. Parece algo que deveria ter estado na primeira versão do recurso.

Me deparei com a mesma coisa na semana passada ao tentar reorganizar a documentação do meu estúdio. Acabei simplesmente criando as novas seções primeiro e fazendo o upload das coisas uma de cada vez, o que pareceu meio desajeitado, mas me levou ao lugar onde eu precisava estar. Arrastar e soltar seria muito mais rápido se funcionasse entre esses níveis.